المنتصف
في غضون ذلك ، أصبح السودان النظام الثاني الذي أعلن نفسه إسلاميًا بعد انقلاب عمر حسن البشير في عام 1989. من بين المنظمات الجهادية التي استضافها نظام البشير هي منظمة “الجهاد” المصرية بقيادة أيمن الظواهري ، أحد أركان القاعدة. سافر الظواهري إلى طهران عام 1991 لطلب المساعدة في الإطاحة بالنظام المصري. ذهب مغنية إلى السودان لمساعدة الظواهري في إطار اتفاق توصل إليه مع الإيرانيين. عرضت طهران تمويل الجهاد المصري وتوفير معسكرات لتدريب عملائها في إيران ولبنان. بعد انتقال أسامة بن لادن إلى السودان ، قابل مغنية ، زعيم تنظيم القاعدة ، الذي عرفه على دوره في لبنان وهجماته المخططة لها هناك. حيث أمل بن لادن أن تحقق منظمته نتائج مماثلة في جميع أنحاء العالم.
ساعد مغنية الظواهري وبن لادن في تفجير السفارة المصرية في إسلام أباد في أواخر عام 1995 والذي أسفر عن مقتل 17 شخصًا. انتقل بن لادن مع كوادره إلى أفغانستان بمساعدة مغنية. على مدار العامين اللاحقين ، تلقت كوادر القاعدة تدريبات مكثفة استعدادًا لما أسماه بن لادن “الجهاد العالمي”. في الأشهر الأخيرة من عام 1997 ، أخبر بن لادن الإيرانيين أنه يتعين عليهم إعادة النظر في سياستهم الخارجية والانضمام إلى حملته ضد الولايات المتحدة وحلفائها.
واصل مغنية تدريب خلايا القاعدة خلال السنوات الأولى من القرن الحادي والعشرين حيث تبلورت السياسة الرسمية التي تبناها المرشد الأعلى علي خامنئي في العلاقة مع القاعدة في وثيقة سرية للغاية أعدتها المخابرات الإيرانية في مايو 2001. الوثيقة شددت على أهمية الأهداف الإستراتيجية المشتركة بين القاعدة والنظام الإيراني في “المعركة ضد الغطرسة العالمية التي تقودها الولايات المتحدة وإسرائيل”. ونقلت مجلة الشرق الأوسط “ذا تاور” عن الوثيقة السرية قولها إنه من الأهمية فهم علاقة مغنية مع هجمات 11 سبتمبر 2001 في الولايات المتحدة.
وجدت لجنة التحقيق أن مغنية وكبار مساعديه رافقوا ثمانية من الخاطفين الـ 19 الذين نفذوا الهجمات عندما غادروا المملكة العربية السعودية إلى طهران عبر بيروت في أواخر عام 2000. رمزي بن الشيبة ، الرابط بين قيادة القاعدة والمختطفين ، حصل على تأشيرة من السفارة الإيرانية في برلين في أواخر عام 2000. وأمضى الجزء الأكبر من عام 2001 في طهران.
بعد الهجمات ، تولى مغنية سفر قادة القاعدة من أفغانستان إلى إيران لحمايتهم من الغزو الأمريكي في 7 أكتوبر 2001. بالإضافة إلى إسكان أيمن الظواهري والجناح العسكري للقاعدة سيف العدل في إيران ، مغنية اتخذ تدابير لاستضافة العديد من أفراد عائلة بن لادن. استخدم مغنية شبكته العالمية لتحويل معظم أصول القاعدة عبر إفريقيا إلى ذهب وألماس في الأشهر التي تلت هجمات 11 سبتمبر.
بحلول عام 2002 ، كان مغنية يدعم الجماعات المسلحة الشيعية والسنية في جميع أنحاء الشرق الأوسط تحت إشراف النظام الإيراني. حيث كان وسيطًا بين النظام الإيراني من جهة وبين حماس والجهاد الإسلامي في الأراضي الفلسطينية من جهة أخرى.
في صيف عام 2006 ، حضر مغنية سلسلة من الاجتماعات مع الرئيس الإيراني محمود أحمدي نجاد والرئيس السوري بشار الأسد في طهران. بحلول يوليو من ذلك العام ، تم اختطاف ثلاثة جنود إسرائيليين بأيدي حماس وحزب الله على الحدود مع قطاع غزة ولبنان. علاقات مغنية مع حماس والجهاد الإسلامي وتوقيت الحوادث تشير إلى وجود درجة من التعاون بينهم. و من الناحية التكتيكية ، ادى الحادثان قيام الجيش الإسرائيلي إلى عمل عسكري على جبهتين.
في فبراير / شباط 2008 ، قُتل مغنية في انفجار غامض في أعقاب سلسلة من الاجتماعات مع مسؤولي المخابرات في النظام السوري في منطقة كفر سوسة في دمشق. الهيئة المسؤولة عن اغتياله لم تكن معروفة منذ سنوات. في يناير ، نشرت الواشنطن بوست تحقيقًا في وفاته حيث كان نتيجة لعملية مشتركة بين وكالة المخابرات المركزية والموساد.